3、得到的初步结论
根据2中几个重要参数查看，实际%Aligned是预期的约2倍，文库的上样浓度和%Aligned相关，表明实际文库上样浓度较低；实际簇密度是预期约1/2，可能就是这较低的文库上样浓度导致的低的簇密度。另一方面，文库的上样浓度和文库的定量密切相关，可能文库定量存在问题。
4、进一步查看Q30
在SAV软件Analysis-Data By Cycle界面上，选择查看Q30，结果显示Read1和Read2在约160循环之前，Q30值在80%以上，显示正常，在约160循环以后，Q30数值开始急剧下降，这说明仪器是正常，试剂正常。那是否文库在结构上存在特殊情况，是否存在小片段文库，测到160个循环左右，测到接头或者文库被测通。另外，可以通过查看碱基百分比（%Base）确认碱基比例是否正常，这里结果显示碱基百分比正常。
5、查看文库的质检结果
下图是文库片段质检结果，结果显示，测序样本中有两种文库，一个主片段约为700 bp，另一个主片段为约240 bp。对于700 bp的片段，除去接头130 bp外，文库和另一端接头读长约570 bp，使用300*2读长没有问题。而对于240 bp的片段，除去接头70 bp外，文库和另一端接头为约170 bp，这时若使用300*2读长测序，测到另外一端接头或整个文库被测通后，测序质量会下降。结果显示160 bp以后测序质量下降，也证明了这点。因此，在测定不同读长文库时，要考虑到对测序的影响。
另一方面，由于两个文库片段长度差距较大，进行定量时，使用哪个片段来计算相应浓度，也会影响定量的准确度。
6、结论
此案例是由于文库中两个片段相差较大，选择一定读长测序试剂，不同长度文库对测序质量影响导致。另外，由于两个文库片段差异，导致定量时有波动。
约240 bp小片段文库可以通过切掉后续Q30质量降低数据得到结果，结果不受影响。对于约700 bp文库，Q30质量降低后对其测序产生怎么样的影响，及测序数据是否可用，还要看拆分后数据QC，进一步来确认。
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